Не съм убеден, че този стандарт отговаря на въпроса ти.
На http://www.bds-bg.org/bg/standard/?natstandard_document_id=34313 пише "Този международен стандарт е приложим, когато дати и време са включени в информационен обмен."
Освен това в http://en.wikipedia.org/wiki/ISO_8601 пише
"Each date and time value has a fixed number of digits that must be padded with leading zeros."
Очевидно това не е обичайната употреба у нас - не пишем "06:45 ч."
Т.е. не смятам, че стандартът, макар и официален, е приложим за правописа.

От друга страна, в правописния речник от 2002 г. въпросът е засегнат в точки 78 и 79. Според тях може да се разделя и със запетая, и с двоеточие.

Не знам в новия правописен речник какво пише, не е пред мен в момента. Когато мога, ще погледна.

Лично аз не смятам, че запетаята е подходящ разделител. Едното е посоченото от теб объркване на функциите.
И другото е, че запетаята у нас е десетичен разделител, докато часовете, минутите и секундите определено не са в десетична бройна система. И ако става дума за обозначаване на продължителност, има известна възможност за объркване - "1,15 ч." колко е, час и петнайсет минути или едно цяло и 15 стотни часа, т.е. час и девет минути?

Но чисто формално, тъй като в правописния речник (поне в предишния) е дадена и запетая, не може да се твърди, че нейната употреба е неправилна.