Пълната ми идея за симулация на НН не би могла да бъде реализирана с микроконтролери поради няколко причини. Първата е, че не бих могъл да "навържа" няколко хиляди микроконтролера паралелно - доста ще е скъпичко, а пък и ще иска по специално захранване и доста сложно управление.. изобщо не мисля че дори електрически може да се реализира НН с капацитет, който ми трябва. Разбира се, би могло всеки микроконтролер да симулира част от НН, обаче проблема по управлението остава. И относителната цена на неврон ще бъде по- ниска. FPGA - един такъв чип има цена около $40 , за 200 000 гейта(транзистора). Второ в FPGA всеки от симулираните неврони ще работи като самостоятелен процесор(няма да изчаква другите), докато ако използвам микроконтролер за да симулирам част от НН(неприемливо е да се симулира един неврон с един микроконтролер), невроните намиращи се в една и съща област ще трябва да бъдат сериализирани, което сваля много производителността на мрежата.
...е разбира се зависи за какъв микроконтролер говориш ?

Целта е да се постигне колкото се може по- голям брой неврони, тъй като сложността на произведеното поведение нараства експоненциално със увеличаване броя на невроните. Проблема е, че скоростта на еволюция намалява с увеличаването на броя на невроните, от което следва че е много критично времето за симулиране на един цикъл на НН.

Има и друг проблем, който бих могъл да реша с FPGA. А именно еволюиране на аритектурата на тримерна НН. FPGA се препрограмира сравнително бързо(милисекунден порадък), което дава възможност да се изполозва за еволюиране на архитектурата на по- сложни НН - съставени от неврони, дендритни дървета, аксони, закъснения по аксоните и дендритите и защо не и честотно кодиране на активността, което ще доведе до по- голямо нарастване сложноста на генерираните поведения

Относно твоя симулатор....
Сам ли ще пишеш физическия софтуер или ще ползваш за база някой freе engine? Проблем на физическите симулации е баланса между акуратност/стабилност и скорост които са взаимно изключващи се. Аз в момента ползвам Open Dynamics Engine , който е писан на ANSI C , и си мисля че сравнително лесно може да бъде компилиран за някой специализиран процесор с който да се игради специализиран хардуер за симулация. За сега го правя на стандартно PC и е доста бавно. ODE предоставя API за изграждане на съставни тела, дефиниране на динамичните им и геометрични характеристики, въздействие на сили, подвижни връзки между телата(joints,ъглови мотори) ,различни видове контакти между телата(триене например) и доста голяма точност,стабилност и скорост.

За комуникацията между няколко платформи за симулация (НН,Физическа симулация, GA симулация) може да се използват най- различни технилогии - някой индустриален сериен стандарт като RS485 например. Разбира се има и доста по- бързи решения .. да речем да се изполва обща PCI шина.
Скоростта на обмен на PCI шината е достатъчна според мен.
Основно обмена на данни седи по следния начин: От Физ.сим се пращат навигационни данни към НН(ъглови скорости, ускорения, позиции и т.н. ,което зависи от конкретния модел и се свежда до пращане на десетки реални числа. След сигнализация на НН, изхода се праща до Физ.сим. което се свежда до подаване също на серия от реални числа. Това е основно комуникацията между НН и Физ. симулация... е с усложняване на модела нараства и обема на предаваните данни.
Комуникацията между GA и НН се свежда до предване на генотипа(серия от битове кодиращи архитектурата на НН) към НН модула, от който се изгражда фенотипа(вече готова НН), т.нар. growth phase и броя на битовете нараства с усложняване архитектурата на НН(увеличаване броя неврони например)
Честотата на този обмен е по- малка от колкото на обмена между НН и Физ.симулация. Като цяло мисля, че една PCI шина би свършила работа.
Разбира се има и други технологии/протоколи.

Аз също се нуждая от отделна платформа за Физ.симулации и за момента си мисля да я изграждам на базата на ODE, тъй като не ми се занимава и с писане на физически модел. Но ако имаш идеи и си навит да споделиме малко опит съм отворен към някаква форма на сътрудничество(дори само за обмен на идеи)