1. Нямам представа как да преведа Branch tables и Branch tables pages. Контекста е следния: Branch tables are simply pages which have a set of links to other pages in the lesson.

явно че Branch pages са страници за навигация (състоящи се от съдържание на страници на уроците, като линкове) , на някои места ги наричат Карта на сайта, в твоя случай Карта на уроците (Site Map)

2. Друга дума е Cluster pages.
Cluster pages: a cluster represents a set of questions from which one or more may be randomly chosen.

Биха могли също да го обяснят като pool of questions , моята интерпретация би била - множество на въпросите, и съответно cluster pages - страници съдържащи множество въпроси, всеки от които има равен шанс да бъде избран.

3. В третата ситуация не намирам вариант да разгранича answer от response.
Each answer can have a short piece of text which is displayed if the answer is chosen. This piece of text is called the response.

Явно теста е от типа multiple choice test - който представлява въпроси и посочени няколко отговора към всеки въпрос, моето разбиране е че посочените отговори са кратки, и когато и
си имат по-голямо разширение което се показва когато отговорът бива избран.

4. и последното е: The editor can add extra "invisible" HTML tags which stop comparisons working as expected.
Как се превежда HTML tags ?

да оставят го HTML тагове, но сигурно има и по-приемлив израз.
Ще бъда много благодарна, ако някой ми помогне с тези думи.