През 1679г Пърсел е назначен като органист в Уестминстърското абатство.Тъй като получавал мизерно и нередовно заплащане, не можал да устои на изкушението за взема пари от зрителите, допускани от него в галерията с органа.Когато това се разкрило, старият свещеник и управителното тяло на абатството го заплашили с уволнение, ако не преотстъпи придобитите по нечестен път средства в срок от два дни, което той направил.
Пърсел композира химна "Thou knowest, Lord, the secrets of our hearts" по повод кончината на кралица Мери, но самият той се простудява в снежния зимен погребален ден и умира през 1695г на 36 год. възраст. Същият химн е изпълнен отново и на неговото погребение.
Т.е. 16 г от живота си е работил именно на ведомост и е починал, изпълнявайки служебните си задължения.