Идеята за матрица в матрицата, според мен няма да се окаже вярна, прекалено е очевидна. Забележете, че Нео досега, когато е бил включен към системата на матрицата, не е успявал спре машините(програмите) само с ръка, както направи това в краят на М2. Винаги е имало някакво физическо съприкосновение с тях. Мисля че той може само да модифицира кода, да променя обстоятелствата, като напр. да спре летящите куршуми и т.н., но не и да влияе пряко върху техните действия.
Тези негови умения са резултат на нещо друго. Възможно е при целувката с Персефона наистина тя да му е предала някакви "данни" (тук някой се майтапеше за езика и, ама може и така да е ) или пък срещите му с mr. Смит да са оказали някакво влияние, това ще се разбере през м. ноември :)
Видя се, ясно че source-a на програмите може да се копира върху хората и те да са му подвластни даже и вече "будни".
Според мен има пряка връзка м/у програмите в матрицата и машините. Все пак всички знаем, че software-а управлява hardware-а. Спред мен този който даваше нарежданията на Смит по слушалката(от която той се освободи), контролира и медузите, а това не е Архитекта. Матрицата е само част от нещо по-голямо и не бих се учудил ако в дъното на всичко отново стои човек.