Идеите ти са много интересни, но това сближаване на имена заради сходство в звученето и без отчитане на езиковите особености малко ме смущава. Все пак Мас-салия да значи "При тюлените" звучи добре. Но как ще се обоснове езиково?
Протис прилича на Протей, обаче протос на гръцки е първи и има десетки подобни имена.
Иначе за тюлените и фокейските колонии сигурно е така - фокейците са почитали тюлените и е много вероятно да са считали за по-благоприятно да основават колонии, където има тюлени (по модела на основаването на самата Фокея, наречена така, защото първите колонисти били съпровождани от тюлени). Но по въпроса за имената - ако те са дадени заради тюлените, защо ще наричат новооснованите колонии с имена от друг корен като Масалия и т.н., а не просто Фокея, т.е. "Тюленов град"?