Най-общо магнитното поле подрежда всички ядра на водорода (останалите са много тежки и тях не можеш да ги разбуташ лесно) като войници да се въртят в една посока и изправени на краката си с глави нагоре. После идва радиовълна, която ги килва на определен ъгъл. После радиовълната спира и водородните ядра (протони) се връщат в оригиналната си позиция (на крака си и с главите нагоре). При това се излъчва електро магнитен сигнал, които се лови със същата антена, която до преди малко е излъчвала радиовълните. Колкото повече водород в една тъкан толкова по-силен сигнал. Докато СТскенера "гледа", ЯМР - "слуша".

Това е най-общо, има хиляди подробности (като например как да разбереш откъде в пространството точно идва сигнала, Т1 и Т2 релаксации, подтискане на сигнала от мастна тъкан (много водород), обработка на сигнал идващ от свободна и свързана вода, абсорбция на контрастна материя и прочие).

Като цяло ЯМР е направен за гледане на меки тъкани - стави, мозък, пелвис, кръвоносни съдове и прочие (за костни структури СТ е много по-добър). Като цяло и СТ и ЯМР си имат своето място и едното не е добър заместител на другото.
PRN