Не съвсем. Няма аналитична теория, защото ще е много сложна. Но нагледна представа има.
Как например ще действа симулацията на един ензим?
Съставя се топково-пръчков модел на молекулата му. Естествено тя може да заеме милион конформации, кето не може да се представи аналитично. Средата от други молекули се представя по подобен начин. Използват се графични редактори, разработени доста добре заради тримерните игри и виртуалната реалност.

За всяка молекула от симулацията се задава случайна позиция и импулс по различните степени на свобода, съобразявайки се със съответното разпределение.
Запуска се симулацията, при която даже може да има и визуализация на екрана.
Движението и блъскането между обектите са достатъчно добре разработени заради игрите. Резултатът може да се получи автоматично по зададено правило или чрез спиране на симулацията на определен такт и ръчно изброяване на целевите молекули от изображението.
За сведение ще дам инженерната представа на една валентна връзка:
-Валентната връзка се къса след разтегляне над 4%
- Ако две валентни връзки образуват ъгъл, при промяна на ъгъла до 4deg
едната връзка се чупи
-двете части на молекулата свободно се въртят около валентната връзка. На практика не е свободо, а е нещо като прещракване ключа на котлон заради временните водородни мостове например.

Съдържаниет е скрито
Влезте за да го видите