Ми аз го гледах само веднъж, ма на база на това, което си спомням, ще се осмеля да дам моите отговори.
1. Смит е създание на Матрицата, доколкото е неин агент. До момента, в който се превръща в изравнител на аномалията Нео от дугата страна на уравнението. Тоест, самият той вече е една аномалия и като такава, застрашава Матрицата.
2. Нео не се съюзи с машинините, а беше принуден на съглашателство с тях. На един гаден компромис, който за по-сълзливите трябва да наречем "прекрасен мир" - между хората и машините. Машините също бяха принудени да пощадят Зион, защото само при това положение щяха да получат съдействието на Нео за унищожението на аномалията Смит, която вече се бе превърнала в неудържима заплаха не само за Матрицата, ами и за света на машините въобще.
3. На третия ти въпрос мисля, че отговарят горните два. Но той ме навежда на мисълта за друго - разговорът между Оракула и Архи, който не ми е 100% ясен, щото съм го гледал само веднъж. Оракула провела твърде рискован експеримент, с който Архи не е бил съгласен (поне с това, че ще успее), но май поне не й е пречел. Накрая, след като всичко е приключило, явно той е доволен от резултата. Защо? И какво значат думите на Оракула, че вероятно Нео (забележете - Нео, а не Избраният) ще се върне един ден при тях?
И въобще, откъде започва този експеримент, различаващ се от представите на Архи за това как трябва да се нареждат нещата?