Такааа, значи въпросите ти са смислени, личи си че си внимавал във филма, но също така си личи, че не всичко си разбрал и то не от Революции (където не претендирам да съм забелязал всичко само от едното си гледане), а от Презареждане. Първо, (най-вероятно бъркам) аз лично не останах с впечатлението, че хората в матрицата биват освободени накрая. Мирът е между Зион и машините, на практика никоя от страните не губи изцяло. Сега вече стигаме до сериозното. Ако си внимавал повече какво казва Архитекта в Презареждане, ще разбереш: Архитекта е създал матрицата, но отново не е успял да изравни уравнението перфектно (в Революции се загатва, че причината е в Оракула) и това води до периодичната поява на избрания. Но (както разбираме отново от 3тата част) уравнението на матрицата е направено, така че то да се стреми към изравняване на двете си части. А след като няма друг начин уравнението просто добавя един "-" от другата страна на избрания (т.е. "+са") и така се появява Смит. Той обаче не е свързан директно със източника (както избрания, чиято сила идва от него и връзката им е много силна, което е и причината Нео да трепе машините и в реалния свят; за по-подробно виж моя отговор в някоя от темите на тоя въпрос) и като всеки самоуважаващ се вирус започва да иска да контролира цялото уравнение. В резултат машините са си измислили начин да се справят, като дадат на "+са" възможност да се анулира с "-са" (давайки му достъп до източника и презареждайки матрицата). Обаче Нео както разбираш не е наясно за кво си говориме и отказва да си свърши работата. Оттам нататък машините вече губят контрола. Смит започва да елиминира всичко друго в уравнението, докато накрая то остава само "+=-" и на пътя му стои само Нео. И тъй като е просто невъзможно уравнението да остане само с "+" или само с "-" единствения начин е те да се анулират взаимно.

"Ако не знаеш, кое е твоето пристанище, за теб попътен вятър няма."