<input type=hidden...>

може ли с javascript да се промени стойността на скрито поле във форма например <input type=hidden name=flag value=0> с 1 и при submita на формата да се изпрати новата стойност 1.

Разбира се. Това е едно от предназначенията на скритите полета.
document.formName.inputName.value = whatever_you_want;
дори и да е hidden.

Най-същественото е невидимо за очите