Значи да ти обясня.
Когато го направиш прозрачен, трябва да присвоиш и съответния атрибут на <object> и <embed> таговете:
<OBJECT classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=5,0,0,0" WIDTH=550 HEIGHT=400>
<PARAM NAME=movie VALUE="Movie1.swf">
<PARAM NAME=quality VALUE=high>
<PARAM NAME=wmode VALUE=transparent>
<PARAM NAME=bgcolor VALUE=#FFFFFF>
<EMBED src="Movie1.swf" quality=high wmode=transparent bgcolor=#FFFFFF WIDTH=550 HEIGHT=400 TYPE="application/x-shockwave-flash" PLUGINSPAGE="http://www.macromedia.com/shockwave/download/index.cgi?P1_Prod_Version=ShockwaveFlash"></EMBED>

Да отбележа: Това работи само и единствено при IE :)
забравете за Netscape, Mozilla, Firefox и Opera :)