BizTalk-a си е направо трепач.
С едно Visio си начертаваш worкflow на процеса и след това само сетваш кое от къде се взема и накъде продължава, като по пътя можеш да си преформатираш данните със XSL да речем или със собствено приложение. Поддържа и някакви умрели струва ми се стандарти като EDI. Интегрира горе долу всичко - файлове, бази данни, Message Queue, COM обекти и всичко това може да ти бъде в една огромна транзакция. Базата трябва да обаче MS SQL, Oracle или DB2. Има си и специален механизъм за long lasting transactions. Като цяло ако информационната ти система се състои от хиляди приложения - с това можеш да си организираш нещата.
По принцип Microsoft го препоръчват и за Business 2 Business интеграция. Даже има и един пример в документацията точно по този начин - как фирми си разцъкват разни Invoices, Purchase Orders etc....

Не знам как го прави J2EE ако някой се е занимавал нека сподели...