Предлагам ти това решение:
# ако $x е това, което трябва да се преобразува:
$x = q(100, "1,100",120,"22,100") ;

$x =~ s/\"(\w+),(\w+)\"/\"$1:$2\"/g ;
$x =~ tr/,"/\t / ;
$x =~ s/:/,/g ;
@arr = split(/\t/, $x) ;