На 01.12.1891 г. Теодосиј оди на радикален чекор, само за да го спаси македонскиот народ од Бугарите и Грците, па бара Унија со Римокатоличката Црква. Во неговото барање за унија со Ватикан до Папата Лео XIII, Митрополитот Скопски образложува: „во името на целиот македонски православен народ...историското право на македонски православен народ да се ослободи од јуриздикцијата на странските цркви- бугарската Егзархија и цариградската Патријаршија...да се обнови Охридската Архиепископија...границите на Охридската Архиепископија треба да ги потврдат сегашните граници на Македонија (Archivio della S. Congregazione de Propaganda Fide - Roma: Indice della Potenza - Marzo 1892-93, Somm.XV, f.132-141). По ваквата промакедонска борба, На 11 Март 1892 г., Митрополитот Скопски Гологанов е сменет од функцијата и бугарски тајни агенти го притвараат и го носат во заточение во манастир во Бугрија (Archivio della S. Congregazione de propagande fide – Marzo 1892-93, Somm. XV, f. 132-141).

Иако митрополит на бугарската Егзархија во Македонија, тој е жесток противник на оваа црковна формација и бугаризацијата што ја спроведувала во Македонија. Митрополит Гологанов пишува „Бугарите ја вршат најмизерната работа, го негираат Македонското име и јазик и го заменуваат со ново (бугарско), со цел бугарските господари да се прошират на туѓи територии...тоа е ново ропство, потешко од турското..турците го убиваат телото, а не духот ...Егзархијата го убива сето тоа подоцна...ние Македонците не страдаме толку од Турците, како од Грците, Бугарите и Србите кои како сакаат како волци да ја разделат намачената македонска земја...Ние македонските духовници по потекло, треба да се обединиме и да го разбудиме народот, да се отфрли странската власт, да се отфрлат дури и Патријаршијата и Егзархијата и духовно да се обединат под закрилата на Охридската Архиепископија, единствената вистинска Мајка Црква“ (Юни 22, 1891 г. Теодосий Скопски, "Централен Държавен исторически архив" (София) 176, oп. 1. aрх. eд. 595, l.5-42 - Razgledi, X/8 (1968), p.996-1000).