Аз със съвременните разлики в значенията не съм много наясно, не съм убедена, че има много такива. "Блато" според Фасмер идва от "бял", т.е. тина, мочурище идва от мокър, тресавище - това, което се тресе като ходиш.

Ето какво дава като синоними Геров:
блато, мочярь, трьсяй, трьсище, трьсилакъ, глибъ, подвирище, азмакъ (това вероятно е турцизъм?), батакъ (също?), топь, мочагъ, мокредин, мочевина, калуга, тресина.

Като се рових из разни исторически книги установих с любопитство следното: побти във всички или поне в монго от тях се споменават разни битки покрай блата: битката при Онгъла, когато идва Аспарух, е край блато, има едно сражение между авари и византийци някъде над Стара планина, в което византийските войски затъват в блато, битката край Адрианопол на Калоян също е била в блатиста местност, имаше още една българо-византийска битка, не си спомням коя, в която не могат да отстъпят войските заради блато. После прочетох, че средновековните Балкани били гориста и блатиста местност, като с вековете покрай изсичането на горите и блатата взели да изчезват. Аз лично досега не съм виждала през живота си блато в България. МИслата ;) ми беше, че изобилието от синоними се дължи на изобилието на назовавания предмет в действителността, нещо като названията на снега при ескимосите.