Накратко процедурата е следната :

cd /usr/ports/databases/mysqlXX-server/
make install clean

/usr/local/bin/mysql_install_db

Мисля че при теб си е проблем с permission и след като направиш chown и chgrp всичко трябва да работи.

chown -R mysql /var/db/mysql/
chgrp -R mysql /var/db/mysql/

Никак не е добра идея да стартираш mysql като root, ето с тази команда по-добре го пускай :

/usr/local/bin/mysqld_safe –user=mysql &

Сетваш password (не го забравяй ) :
/usr/local/bin/mysqladmin -u root password newpassword