Може би пък словоредът диктува...

В разместения случай "Иван, който чакаше да се върне баща му" -

"Иван, който чакаше КАКВО? Да се върне КОЙ?" и тук бащата е подлог, и затова е МУ.

В началната форма:

"Иван, който чакаше баща си да се върне" - Иван чакаше КОГО? Бащата, не е подлог, затова е СИ...