Щом "труп" като част от дърво е идентично с "труп" като мъртво тяло и двете са от мъжки род - защо тогава за телата казваме "много трупове", а за дърветата "много трупи"?

Не знам. Сега се замислих. Прочетох малко за омонимите, защото мисля, че думите са омоними, но не намерих нищо, което да е подобно на нашия пример. Освен той да е изключение.

Например стол за сядане и стол като място за хранене са омоними и са в мъжки род, но всичките им форми съвпадат. При съд за хранене и съд за разглеждане на съдебни дела нещата са съвсем различни. При съд за хранене имаме два съда, много съдове. Докато съд като институция няма нито бройна форма (не можем да кажем два съда), нито мн. число. Подобен е примерът с рак, два рака, много раци, но болестта рак пак няма бройна форма и мн. число.

Примерите са само на съществителни имена от мъжки род. Такива са и ток-ток; брак-брак; град-град. И в трите двойки в едното от значенията не съществува бройна форма и мн. число.