Има го и този момент - както отбеляза някой по-горе, при звук компресиран с VBR (Variable Bitrate) май точно така става.
В VirtualDub, както и в NanDub има опция, която коригира това - в менюто Video, FrameRate, има възможност да избереш "Change so video and audio durations match". Това кара "Дуб"-а да промени рейта на аудиото и видеото, така че да синхронизира началото и края им (и съответно да няма разминаване).
Ще допълня, че за прекомпресиране само на звука е необходимо да поставиш в менюто Video на "Direct Stream Copy", а звука да си го нагласиш на "Full Processing Mode" със съответната аудиокомпресия.
Ами май това е:)