Ще си позволя аз да ти отговоря защото преди имаше една подобна тема.
Точно в твоя случай няма никакъв проблем Уин98 да ти е в Д: а Уин 2К в С: само поради факта , че не си използвал NTFS за С:. Макар, че при инсталацията на Уин98 ти си му казал да се инсталира в Д: той задължително си пише някаква си своя сервизна информация в С: и то винаги защото презумцията е, че при буутването на системата управлението се предава на операционата система намираща се в първия активен дял т.е. С: а там Уин 98 е записал информация къде е инсталиран ( ако не е на С: ). Накратко независимо къде ще инсталираме Уин 95/98 то те фактически се инсталират на С:.
Пак ти казвам, че в твоя случай нямаш проблеми само защото С: ти е FAT.
Но в момента в който решиш да направиш С: с NTFS то трябва да забравиш за Уин 98 защото той вече няма да може да вижда С: и просто умира.
Това е. Аз не съм го изпитвал това, но както казах един приятел от по-долните теми имаше точно такъв проблем с Уин МЕ на Д: и Уин 2К на С: с NTFS и се оплакваше, че МЕ-то му не може да тръгне посмъртно.