Като гледам си задаваш отговори.

Като погледнеш FTP лога е повече от очевидно, че са ти качили файловете през FTP.

Има два най-вероятни варианта:

1. Имаш троянец на компютъра, който ти е натоварил всички пароли за FTP и ги е изпратил където трябва.

2. Имаш уникално сложна парола от типа на: 123, 12345, asdf и т.н уникални и трудни за отгатване пароли.

От там нататкък вече знаеш какво става.