Ако съм разбрал правилно за да работи въпросното приложение user-a който го стартира трябва да е локален администратор на машината. Логването в домейна не е пречка потребител от домейна да бъде локален администратор на машината от която се логва. Просто трябва да го добавиш в групата administrators , в която по default са Domain Admins.
Ако не искаш да правиш потребителите локални администратори на машините можеш да провериш какви ключове иска да пише приложението и да дадеш съответните права върху registry-то.
Но при всички положения използвай логване в домейна , а не локално...
След като имаш Домейн Контролер го ползвай по предназначение , а не само като файлов сървър.