Има си готов метод, който се намира в java.lang.Math (не е нужно да го импорт-ваш - по default си е импортнат).
Math.abs(int/double/... a) - връща ти |a|

Ето ти пример:

import java.util.Scanner;

public static void main(String[] args){
Scanner in = new Scanner( System.in );
int a = in.nextInt();
System.out.print( Math.abs(a) );
}

Успех!

ПП
А вингаи можеш да си направиш и твоя версия на метода abs() .