Ха, че то още от Windows XP не се препоръчва да се пише в Program files\...

Ако ти се налага всички потребители на някво твое приложение да споделят общи настройки имаш не един, а цели два по-смислени варианта:
1. Създаваш си твоя поддиректория в ...\Documents and Settings\All Users\Application Data (константа CSIDL_COMMON_APPDATA за шел функцията SHGetSpecialFolderPath) и там мажеш смело
2. Създаваш си твой подключ в HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE

А иначе не ми е много ясно какви ще са тия настройки, които хем непременно трябва да важат за всички юзери, хем всеки юзер да може да ги променя. Но явно има и такива настройки (или по-скоро - такива приложения)