>там всички трябва да го виждат еднакво.

наистина е така, ако програмата се инсталира в C:\appName\ проблеми няма - но юзерите избират къде и повечето биха избрали C:\Program Files\appName\
Аз да им избирам къде да инсталират, или пък да си пазя само настройките в C:\dir\ ми се струва малко екзотично. Искам доколкото е възможно инсталацията да е стандартна и да следва разните бест практицес.

>ако не, сложи си истински виндовс

не става дума за мен, аз лично ползвам Виста само на виртуални ПЦ-та за тестове. Но колкото и да не ми харесва, това нещо се разпространява. От известно време повечето нови ПЦ-та идват с Виста, скоро ще са почти всички.