Ако вх. файл е текстов и знаеш приблизително дължината на най дългия ред (за това можеш да си напишеш отделна ф-я), можеш да четеш файла ред по ред с код подобен на този:

#include <stdio.h>

FILE *pInFile;
char szBuf[100]; // дължината на най дългия стринг+1. Промени, ако е по дълъг

if ((pInFile = fopen("input.txt","r")) == NULL)
{ // няма такъв вх. файл
}
while(fgets(szBuf,(sizeof(szBuf) - 1),pInFile) != NULL)
{ // реда е в szBuf
}
fclose(pInFile);