Хммм, странна идея. Но би ли ми казал какъв е мотива да да го правиш ?
- Не искаш да да се обвързваш с конкретна БД и да дистрибутираш
драйверите за нея?
- Колко записа очакваш приблизително да има в БД ?
- Какво време за отговор от заявка очакваш ?
- Колко потребителя ще работят с БД ?
- Колко често ще се добавят/премахват колони в БД ?
- Др. мотиви

Ако трябваше да правя подобно нещо бих разделил всеки файл от БД на 2 части - единия ще съдържа структурата на файла- полета, тип, дължина, а другия ще съдържа самите данни. По този начин избягваш твърдо кодираните структури за всеки файл от БД. Правиш клас, който първо чете структурата на файла и динамично заделя памет за всяко поле.
И според мен, ако не е наложително по добре е данните да не се пазят в двоичен вид, освен, ако не гониш някаква върхова производителност. А и по лесно ще се добавят/премахват колони. Двоичните данни, ако не са много може да съхраняват в др. файл.
Това са предварителни расъждения. Предполагам, че има и по добри идеи.