Какво става като имаш примерно:

ALTER TABLE table_name
ADD new_column VARCHAR(20)

Трябва да re-create-неш цялата структура и да пресипеш всичко. Би могло примерно да са 2 файл-а. Единия със структурата на таблицата и поле, което сочи някакъв offset в другия файл, където всъщност са данните.