1.Влез под ДОС с системна дискета ,направена под Windows 98 SE.
2.С Partition Magic 8.0 дискета си изтрий дяла с Windows2000.
3.Инсталирай си Windows98 с FAT32.По подразбиране при инсталацията на Windows 2000 се използва файлова система NTFS ,ако изрично не си указал ,че искаш FAT32/предполагам ,че проблемите ти идват оттам/.Реда за инсталиране е Windows 9X,Windows2000,windows XP, Windows Longhorn ....
4.Ако ти е омръзнало ,инсталирай си Knoppix 3.3 като мен и ще се успокоиш.