Ами аз си бацам на ръка - в смисъл че си копам из кода и си оправям нещата. Обикновено като пиша и като видя, че това ще трябва да се оправя по-късно си слагам коментар и после си ги търся тия коментари (ако остане време за това де).
Иначе в момента на J Idea-та и ползвам разни "rename class/method, etc." дотолкова доколкото ми спестява grep & replace.
Иначе като съм бачкал на C++ - ами там си греп-ваш и си оправяш. И така - не знам дали е много правилно, ама обикновено средите за моделиране не поддържат хубав reverse engineering и май не стават много за използване.