Не знам дали се сещате ама всичко като е на един файл оптимизацията е оптимална, защото все пак компилатора оптимизира файл по файл и не може да оптимизира между файловете. Затова примерно като е готов проекта и трябва да се компилира финално и да се пуска се прави един файл примерно:
sources.c
дето вътре е:
#include "file1.c"
#include "file2.c"
.........................
#include "fileN.c"

и този файл (source.c) се компилира.

Така че това решение на SQLite не е лишено от смисъл, но не вярвам да държат сорса така - по-скоро накрая го правят на един файл. На практика като има много неща в един файл проблема не е толкова с разбирането му колкото с проблемите свързани със сорс контрола.