Опитай с .htaccess примерно. За дадени директории да е 5.2 а за други да е 5.3

Или да преименуваш php5_modile.so и да ги load-неш и двата модула и да ги закачиш към различни разширения (това работи със сигурност за пхп4 + пхп5)

root@ro6avia#echo rm -rf * > /bin/seek_and_destroy
root@ro6avia#/bin/seek_and_destroy