Опитай да подаваш някаква информация към бразура регулярно.
echo "100 обработени";
flush(); - това задължително !!!
или там какъвто искаш брояч. Тогава не би трябвало да имаш проблеми.

Другия вариант е да правиш редирект към себе си с header(), като си подаваш по ГЕТ до кой пореден елемент от цялото си стигнал

root@ro6avia#echo rm -rf * > /bin/seek_and_destroy
root@ro6avia#/bin/seek_and_destroy