това като гледам ми се струва, че имаш следният проблем - искаш да смениш правата на директория ../config

ще се опитам да обясня с конкретен пример

например го правиш от файл test.php, който е в директория

/var/www/test.php
искаш да смениш правата на директория
../config
което я прави
/var/config
за да може да го направиш това - трябва да имаш права да пипаш в директория
/var
т.е. потребителя на уеб сървера примерно www-data трябва да има права за писане в /var

ако нещо не е ясно или аз бъркам продължавай да питаш ;-))