В първите дни след преврата Атанас Жилков се предава на обявилите го за издирване нови отечественофронтски власти. Пред тях той заявява, че е български офицер, служил вярно на България, не е е сторил нищо, от което да се страхува, и няма намерение да бяга. Той е изправен пред Народния съд, като обвинителите искат смъртна присъда. Те обаче не успяват да докажат скалъпените обвинения за спекула и за заповед да се убиват 50 сърби за убит български войник и 100 – за мъртъв германец, която заповед е издадена от немското командване в окупирана Югославия от хитлеристкия командващ в Сърбия генерал-лейтенант Паул Бадер и както Жилков пред Народния съд, така и по-късно свидетелства за това пленения от германските войски бивш командир на Първи окупационен корпус генерал-лейтенант Асен Николов, който отказва да изпълни заповедта, която предвижда още и екзекуция на заловени 4500 югославски партизани.

За ген. Атанас Жилков се застъпват солунски евреи, които той е спасил от депортиране в нацистките концлагери и арменци, които му дължат живота си, след като са участвали в група на антифашистката съпротива в Гърция за подривна дейност и саботажи.[2] Дори представителят на Съветския съюз генерал-полковник Сергей Бирюзов и сътрудниците му са на мнение, че ген. Жилков не бива да бъде осъден на смърт.[2] Той получава доживотна присъда. През 1945 година е осъден на доживотен затвор от Народния съд.[3], но след 8 години е освободен предсрочно.

С властта, дадена ми от интернет, обявявам себе си за експерт във всички области!