След началото на Втората световна война (1.IX.1939) и ставащото все по-очевидно включване на България в нея, ВМРО загърбва обидата от 1934г. и сама предлага на българските власти своето съдействие, в случай на нахлуване във Вардарска и Егейска Македония. Предложението е съвсем навременно, защото Германия предлага на България да воюва заедно с нея срещу Югославия и Гърция (28.III.1941), като в замяна бъде признато юридически правото й да владее безусловно тези земи. Много по-предпазлив и недоверчив от баща си, цар Борис III отказва. При това положение Германия разгромява сама, за 12 дни (6.IV-17.IV.1941), Югославия, едновременно с това обхожда защитната линия на гърците “Метаксас” и на 9.IV.1941г. германските войски влизат в Солун. Веднага след това те се спускат на юг, помитайки армейските групи “Източна Македония” (на ген. Бакапулос) и “Западна Македония” (на ген. Чолакоглу), и завземат Атина (27.IV.1941г.). След двадесетина дена там е сформирано марионетно правителство на държавата “Елиники полития”, начело с ген. Чолакоглу. Благодарение на германските победи са спасени от унизително поражение италианските войски в Северозападна Гърция и те се разгръщат там вече безпрепятствено. При това ново състояние на нещата германският външен министър Рибентроп отново поканва българите да заемат Вардарска Македония, Западните покрайнини и Беломорието, но този път само като помощна сила. Така България не може да придобие пълен суверенитет върху тези територии. Той остава за Германия. Затова по всички важни въпроси последната дума (съгласно т.нар. тайни протоколи между България и Германия от март - април 1941г.) ще имат германците (какъвто е например случаят с депортирането на македонските и беломорските евреи).
Още тогава българският комунистически лидер Георги Димитров изрично е записал:
“Спечелвайки Македония и Тракия, България сама загуби националната си независимост. Немските коменданти управляват не само Македония и Тракия, но се разпореждат и в самата България като в своя колония” [Г.Димитров, Съчинения,т.11, стр.119].