Само като идея:

1. Имаш lilo (или grub) в MBR на /dev/hda
2. С dd if=/dev/hda of=bootsector.bin bs=512 count=1 ще направиш копие на boot-сектора.
3. Така можеш да си го копираш на дискета:
dd if=/dev/hda of=/dev/fd0 bs=512 count=1
4. Като се сгъбяса Windows-a си го преинсталираш, той както си му е реда ти маха lilo (или grub) от MBR на диска.
5. Вземаш си дискетата и един live linux (или Recovery CD-то на твоята дистрибуция - целта ти е да се добереш до конзола) и boot-ваш
6. В конзолата драсваш ето товa (ако си го записал като файл):
dd if=bootsector.bin of=/dev/hda
Ако си го записал на дискета пишеш следната команда:
dd if=/dev/fd0 of=/dev/hda bs=512 count=1
Забележи че в първия случай при възстановяване от файл нямаш опции за bytesize (bs) и колко блока да прочете (count)
7. После reboot и си ползваш менюто такова каквото си е било преди да се сгъбяса Windows-a.

Ако искаш да ги правиш bootable дискета потърси из нета за syslinux и му прочети документацията...

воля, воля... и пак воля...