Такива разминавания обинковено се получават ако изпъниш код преди нещо да се е заредило... Когато сложиш алерт, това забавя изпълнението на скрипта и дава време на браузера да зареди обекти които инъче не биха били заредени...

Предполагам че този скипт се изпълнява при зареждане на страница... Пробвай да го преместиш примерно в края на боди-то или пък направо след него. В краен скучай можеш да прабваш един сетТимеоут за да се изпълни с малко закъснение :)