За линкове към основната страница винаги използвай http://www.domain.com без файл след това.
За повечето сайтове ПР на http://www.domain.com е доста по-високо от това на http://www.domain.com/index.htm, въпреки че двете са на практика едно и също. Ако други сайтове ще слагат линкове към твоя, винаги им давай http://www.domain.com

Използването на абсолютни адреси прави поддръжката на сайта голямо главоболие. Най добре офлайн работи с релативни адреси. Като приключиш с редакциите си направи някъде копие на сайта. След това с някой туул дето може да прави find/replace c regular expressions, заменяш
href='alabala' c href='http://www.domain.com/alabala' в копието и после ъплоудваш.