И аз ако може да се намеся в темата...

Значи абсолютно същия проблем и при мен. Установих че се получава само с малки GIF файлове. При мен най-често не се виждаха тези с големина 0.1 - 0.5KB - нали занете, разни ъгълчета, чертички, точици и прочие малки GIF-ове, които може би всеки ползва. Тествах различни видове сървъри (май само Apache и IIS) и браузъри - установих че това това си е проблем единствено на IE. Например имам GIF с размери 15x15px и в браузъра се виждаха само контурите без картинката. :-/
Питах някъде из групите на Google май и някой ми каза ако използвам Adobe Photoshop за правенето на GIF-овете, опцията forced да е винаги none - това помагало палитрата да се индексира от светлото към тъмното и незнам си още какво... Никаква връзка не направих с тоя forced и проблема ми. Както и да е. Аз естествено не тръгнах да си преправям GIF-овете (и сега даже незнам какви са ми) и продължих с рифрешовете когато нещо не се вижда. Преди няколко седмици си правих on-line update на windows-a - намаза ми и някакви ъпдейти на IE - незнам кво стана обаче честно да ви кажа вече веднъж на 1000 рилоуда я ми се случи да не видя някоя картинка я не. Цялото това разследване ме навежда на мисълта, че проблема си е изцяло в IE. Въпреки, че при мен се реши на около 95% продължавам да търся някакво логично решение, защото на много други IE браузъри проблема си остава.