За мутациите точно чумната епидемия няма значение, макар да има теории, че се увеличават при сблъсък на организмите с нови природни условия и микроорганизми. Т.е. хората напуснали Африка и обичайната природна среда са мутирали повече. Освен това има избирателни мутации, например светлия цвят на кожата, които се разпространяват повече, ако са благоприятни. Ако са възникнали първо в определена хаплогрупа, то тя се е разрастнала в по-голям процент.
Има теория, че чумните епидемии в Европа са намалили много генетичното разнообразие на континента. Изследвания на стари кости показва различна генетична картина от съвременната. Епидемията е морила избирателно, някои хора са били по-устойчиви, наскоро даже откриха такъв ген сред европейците, който предпазвал от инфекции. Ако този ген е свързан с хаплогрупа, както се предполага митохондроиалната Н, тогава е обяснимо защо 40% от европейците са с нея.