Всъщност това което предложих беше да пусне един цикъл от сорта на

for(x=0;x<[num_rows];x+=1000){
INSERT INTO innodb_tbl SELECT * FROM myisam_tbl ORDER BY <Primary_Key> LIMIT x,x+1000;
}

Така ще избегне локването на цялата таблица за времето на копирането. Това разбира се работи само при положение че някой междувременно не променя по старите записи. Иначе забавянето при INSERT идва основно от индексите, така ако се търси скорост на копиране на данните е по-добре новата таблица да е със спряни индекси:
ALTER TABLE new_table DISABLE KEYS;
INSERT ...;
ALTER TABLE new_table ENABLE KEYS;