my.ini трябва да бъде в %WINDIR%. Със съдържание от типа:

[mysqld]
basedir=C:/mysql
datadir=C:/mysql/data

после в bin директорията на MySQL пускаш mysqld-nt --install (или mysqld-max-nt), така го инсталираш като service и си готов.

If you don't care where you are going any road will get you there