MS SQL познавам прекалено добре от ежедневната си работа вече повече от две години.
MySQL познавам много малко, най-вече от това което те казват за себе си. Аз го приемам това казване за истина.

Както би казал Salle, ами зависи.
MS SQL става за малки до средни проекти. Има доста развита функционалност, но има проблеми с бързодействието при сериозно натоварване, а също така надежността и сигурността му не са перфектни. Не става за големи проекти, които също така искат бързодействие.

MySQL има напълно умишлено някои ограничения.
Идеята им е, че управлението на една програмна система не трябва да се обляга на SQL сървъра, а на клиентската част или Middleware. С тази цел напълно умишлено няма тригери или съхранени процедури. С премахването на доста от тези, иначе нормални за един SQL сървар функции, те постигат завидно бързодействие.
Това го прави особено подходящ за приложения, при които има Middleware. Такива по подразбиране са WEB приложенията. Не случайно това е най-масовият сървър, използван за такива. Същевременно при тези приложения може да се получат и много големи натоварвания, при което се проявява и най-добрата му черта - бързодействието.

Финансовата разлика е малко по-трудно да се оцени. Аз по принцип съм на мнение, че ако не се работи в условията на изроден пазар, какъвто примерно е пазарът на софтуер в България, то изборът на сървър не трябва да се прави по финансови съображения, а по желана функционалност.

Горното за изродения пазар на софтуер в България /аз в момента не съм там/, във всички случаи не е по вина на страната или хората в нея. Просто повечето производители на софтуер явно не са чували за закона за търсенето и предлагането, и се опитват да продават продуктите си на цена, на която няма НИКАКВО търсене. Имайки предвид себестойността на повечето продукти, това е абсурд. MS SQL и за 100 лв. да го продават, пак ще са на печалба, но ... неведоми са пътищата Микрософтски. И не само Микрософтски.

Ако се върнем на техническата част, аз бих задал въпроса, струва ли си в сравнение, да речем с Postgres. Замислям се ... и не си променям отговора.
Не бих правил ERP система, използвайки MySQL.