Аз си реших проблема така - в MyODBC за initial statement сложих "SET NAMES 'cp1251';" (без двойните кавички)

А като се свързвах чрез C API :
MYSQL* connection = mysql_init(NULL);
mysql_options(connection, MYSQL_INIT_COMMAND, "SET NAMES 'cp1251'");
MYSQL* con = mysql_real_connect(connection, "localhost", strUsr, strPass,
strDBName, 0, NULL, 0);

След това всичко бачка на 6. Само че колоните трябва да са със сет cp1251. Иначе не става. За други езици ще трябва сами да измислите как се подава този параметър. Може директно със SQL заявка от рода на SET NAMES "'cp1251';" (пак без двойните кавички)