С това сигурно няма да ти помогна, но има и други начини за стартиране през регистъра на програми, бях чел за един вирус как действа, та той си създава някакви други ключове, които няма начин да откриеш, освен ако не знаеш точно къде да търсиш.

В HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run по принцип трябва да има и други системни програми, не може да е само една