Според мен най добре е да ги прехвърляш чрез парасолид.Мисля че и двете програми работят с това ядро така че няма смисъл да минават през междинно.Като гледам примера си мисля че проблема идва от близките размери.Ако разликата между размерите е по голяма примерно през 1мм пак ли се получава същото?Погледни да не би да има някъде настройка за точността с която се записва файла в другия формат.Направи няколко проби за да разбереш къде е проблема.Отвори същите файлове и с %E