Откровенно не мога да разбера какво искаш да постигнеш. Програма като windows explorer ли искаш да направиш? Ако просто ти трябва структура за дърво, референции от хашове ти вършат работа. Описание в книжката "advanced perl programming", мота се някаде по интернет.
Иначе как горе долу изглежда кода:

$a->{име_на_директория}->${име_на_под_директория} и т.н.
Няма нужда от предварителни дефинираня или изцепени структури в стил C, или ограничените клас листове в стил Java