ако втория скрипт, който искаш да извикаш _не е_ CGI можеш просто да му подадеш променливите на командния ред, т.е. от perl:
system("/path/name.pl param1 param2 .. paramn"); и после ги достъпваш като $ARGV[0], $ARGV[1] ... $ARGV[n]

другия случай - искаш да извикаш друг CGI скрипт, съответно параметрите трябва да се подадат в CGI съвместим вид/начин. Най-лесно е да емулираш метода GET:
system("QUERY_STRING='var1=value1&var2=value2...' /path/name.pl");